Tretter hat zunächst im Bereich der experimentellen Hirnforschung bei der Analyse der funktionellen Struktur des neuralen Netzwerks des visuellen Kortex mit gearbeitet. Anschließend hat er sich mit der Bedeutung der Systemtheorie bei der Funktionsanalyse des Gesundheitswesens beschäftigt. Sein Hauptarbeitsgebiet war bisher die Entwicklung von Behandlungsstrukturen für Suchtkranke und die damit verbundene Therapie- und Versorgungsforschung. Grundlegend ging es ihm dabei um die Entwicklung fachübergreifender Denk- und Handlungsansätze, weshalb er sich seit seiner Studienzeit mit Systemtheorie und Humanökologie befasst.

Er engagierte sich auch um die Nutzung künstlerischer Methoden in der Behandlung in der Psychiatrie, indem er unter anderem die Kunsttherapie in das Behandlungsprogramm aufnahm. Dieses Engagement umfasste auch Tagungen, die der Verbindung von Kunst und Wissenschaft dienten, weswegen er bereits 1975 einen derartigen Förderverein gegründet hatte. Auch hat er den Patienthilfsverein "Regenbogen e.V." gegründet, der psychiatrischen Patienten die Integration im Bereich Arbeit, Wohnen und Freizeit erleichtert. Seine Forschungsarbeit im Bereich Systemwissenschaft ist von der systematischen Zusammenarbeit mit Physikern, Mathematikern, Philosophen und Sozialwissenschaftlern geprägt. Er hat mit diesem Ziel eine Vielzahl inter- und transdisdisziplinärer Tagungen organisiert und moderiert.